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金刚界曼荼罗和胎藏界曼荼罗都以大日如来为主尊，但大日如来的形像和姿态在这两部曼荼罗中略有不同。
金刚界
金刚界大日如来，象徵摧坏众生烦恼，把降伏烦恼的智慧比喻为\"金刚\"，表示其坚固不坏，代表着如来智慧的世界。《金刚顶经义诀》卷上说：此如来又名\"佛菩萨眼如来\"，亦名\"诸佛菩萨母\"，亦名\"诸佛菩萨最上广博清净藏\"。一切诸佛菩萨因此而得以明见，于中出生，一切贤圣于中安住，故有此名。
\"大日如来\"在金刚界中，密号\"遍照金刚\"、\"无障金刚\"，在一印会、四印会及成身会中，皆身呈白肉色，具足三十二相八十种好，手结智拳印，头戴五佛宝冠，着妙天衣。
大日如来为金刚界曼荼罗五大月轮中央轮五尊之中尊，位于色界顶摩醯首罗宫（即大自在宫与胎藏大日依处同），不坏金刚光明心殿中，五相圆满，始成正觉之相，显修生智德之智法身也，其相似菩萨，作天人之状，跏趺坐，头垂发，戴五智之宝冠，上半身戴着手镯、臂钏、璎珞等装饰品，手结智拳印，即左手食指伸直，用右手的手掌把它握住，通身之色清白，以“鑁”（vam）字为种子字，以五股杵为三昧耶形，密号谓之遍照金刚。
圣位经曰：‘尔时金刚界毗卢遮那佛在色界顶阿迦尼吒天宫，初受用身成等正觉证得一切如来平等。’略出经三曰：‘由结大智拳印契故能入佛智。（中略）结跏趺坐有大威德，色如白鹅，形如净月，一切相好悉皆圆满显具，宝冠垂发以缯彩轻妙天衣绕腰被绁而为上服。’秘藏记上曰：‘鍐字者，智法身种子。’瑜只经疏曰：‘以鑁字为大日种子。’瑜只经曰：‘薄伽梵遍照如来。’秘藏记钞三曰：‘金刚界者以五股杵为体，五股杵表五智，即大日三昧耶形也。’
胎藏界
大日如来为胎藏界中台八叶院之中尊，于大自在天广大金刚法界宫，显本有理德之理法身也。是亦菩萨形，首戴发髻，身缠轻妙之衣，手结法界定印，通身金色（或云白色），以“阿”字为种子，以窣都婆为三昧耶形，密号谓之遍照金刚。大日经疏四曰：‘观作宝莲华台宝王宫殿，于中敷座，座上置白莲华台，以阿字门转作大日如来身，如阎浮檀紫摩金色，如菩萨形，首戴发髻犹如冠形，通身放种种色光，被绢椉衣，此是首陀会天成最正觉之标帜也（首陀会，译云净居大日经疏一曰：‘释论云：第四禅五种那含住处，名净居天。过之以往有十住菩萨住处，亦名净居号曰大自在天王是也。’），彼界诸圣天众，衣服轻妙，乃至无有铢两，本质严净不复假以外饰，故世尊俯同其像也。’秘藏记上曰：‘阿字者，毗卢遮那理法身种子。’同下曰：‘八叶九尊中台大日如来。（中略）黄色金，入定印。’
胎藏界大日如来也是跏趺坐，菩萨像，但头戴魏髻，身缠轻妙之衣，手结法界定印，即左手在下，右手在上，两拇指相抵，通身金色（或白色）。